O PAT2030 tem por missão responder às necessidades de suporte a funções transversais assumidas no âmbito da coordenação global da aplicação dos Fundos Europeus e do respetivo sistema de gestão e controlo, acompanhamento, avaliação e comunicação do conjunto dos programas.
Prossegue ainda a prioridade do desenvolvimento da capacitação institucional necessária a facilitar o processo de definição, acompanhamento e avaliação das políticas públicas, incluindo o contributo para uma melhor eficácia, eficiência e transparência na utilização dos Fundos (Roteiro para a Capacitação do ecossistema dos fundos da Política de Coesão para o período 2021-2027).